DEG解析で'row.names'に重複した名前を付けられない場合の解決法

先日、読者の方から「Differential Expression Analysisでマトリックスをインポートする際に行名の重複を警告される」というコメントを拝見しましたので、その理由と最もシンプルな解決策をご説明します。

その理由は プローブと遺伝子は多対一の関係にあり、例えば A と B は共に遺伝子 AB を指している場合があります。通常の遺伝子マイクロアレイの発現行列では、プローブで表現される発現行列は行名の重複がない。これは、Rのルールでは行名を一意な識別子とみなしており、行名を使ってデータを取得する際に、2つの行が同じ名前であれば、行名重複の必要性をRが認識しないためである。Rは、行名を使用してデータを取得する際に、どの行が必要なのかわからなくなるのです。

解決策 通常、異なるプローブから得られた遺伝子記号を一定のルールに従って1つの行にまとめればよい。平均値、中央値、最大値、最小値など、ニーズに応じて作ればよい。この操作はRで行うことができるが、多少のプログラミングスキルが必要である。ここでは、Excelを使って、同じ行を平均値にマージする例を示します。

1. これは、行名が繰り返される式行列で、サンプルは1つだけです。

2. 新しいシートを作成し、左上にあるピボットテーブルをクリックします。

3. ダイアログボックスが表示されたら、sheet1 に戻り、範囲を選択します。

4. sheet2 の必要な列をチェックします。

5. 5. 合計項目（B1）をダブルクリックし、新しいダイアログボックスで平均を選択すると、同じ名前の行が平均に 従って各サンプルについて計算されます。

6. このアプローチでは、一部の遺伝子記号が日付指定されてしまう可能性があることに注意が必要です。しかし、一般的には、プログラミングの弱い実務者にとっては、まだ使える、信頼できる方法である。

7. 変換した行列をRにインポートすれば問題ない。

GEOチップデータの差分発現解析にlog2処理が必要な理由

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805

GEOマイクロアレイデータの差分発現解析にlog2が必要かどうか、正規化の問題点

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542558

差分表現マトリックス作成チュートリアル

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659768

微分表現のヒートマッププロットは、以下のページで詳しく説明しています。

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659501

edgeRを用いたRNAseqデータの差分発現解析に関するチュートリアル

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88785486

微分発現解析（DEG）時に'row.names'に重複した名前を表示させないための解決策です。

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生存時間解析チュートリアルシリーズ (I) Bioshiners Toolboxを用いた生存時間解析

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エンリッチメント解析とタンパク質相互作用ネットワーク（PPI）の可視化 シストケープ入門ガイド

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R言語ggplot2パッケージを用いたパスウェイエンリッチメント解析バブルプロット（Bubble plots）のプロット：データ構造とコード

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