[解決済み] Android Studioのビルドエラー: このバージョンのAndroid Studioは、使用するGradle Pluginと互換性がありません。Instant Runを無効にしてみてください。

質問

本日、Android Studioのバージョンを1.5から2.0にアップグレードしたのですが、何か不具合が発生しています。
まず、Gradleのバージョンエラーが出たので、Gradleのバージョンを2.10から2.12に更新しました。

# previous
# distributionUrl=https\://services.gradle.org/distributions/gradle-2.10-all.zip
# current
distributionUrl=https\://services.gradle.org/distributions/gradle-2.12-all.zip

Gradleのバージョンエラーはなくなりました。
しかし、今、私のプロジェクトを実行しようとすると、このエラーが発生します。

Error running app: This version of Android Studio is incompatible with the Gradle Plugin used. Try disabling Instant Run (or updating either the IDE or the Gradle plugin to the latest version)

これは私のプロジェクトGradle.buildです。

// Top-level build file where you can add configuration options common to all sub-projects/modules.

buildscript {
    repositories {
        jcenter()
    }
    dependencies {
        classpath 'com.android.tools.build:gradle:2.0.0'
        classpath 'com.google.gms:google-services:2.1.0-alpha1'
        classpath 'com.neenbedankt.gradle.plugins:android-apt:1.8'

        // NOTE: Do not place your application dependencies here; they belong
        // in the individual module build.gradle files
    }
}

allprojects {
    repositories {
        jcenter()
    }
}

task clean(type: Delete) {
    delete rootProject.buildDir
}

そして、これが私のmodule:app Gradle.buildファイルです。

apply plugin: 'com.android.application'
apply plugin: 'io.fabric'
apply plugin: 'android-apt'

android {
    compileSdkVersion 23
    buildToolsVersion "23.0.2"

    defaultConfig {
        applicationId "com.example.test"
        minSdkVersion 19
        targetSdkVersion 23
        versionCode 1
        versionName "1.0"

        multiDexEnabled true
    }
    buildTypes {
        release {
            minifyEnabled false
            proguardFiles getDefaultProguardFile('proguard-android.txt'), 'proguard-rules.pro'
        }
    }
    compileOptions {
        sourceCompatibility JavaVersion.VERSION_1_7
        targetCompatibility JavaVersion.VERSION_1_7
    }
    dexOptions {
        maxProcessCount = 4 // this is the default value
        javaMaxHeapSize "4g"
        preDexLibraries = false
    }
}

buildscript {
    repositories {
        maven { url 'https://maven.fabric.io/public' }
        mavenCentral()
    }

    dependencies {
        classpath 'io.fabric.tools:gradle:1.+'
    }
}

repositories {
    jcenter()
    maven { url 'https://maven.fabric.io/public' }
    mavenCentral()
}


dependencies {
    compile fileTree(dir: 'libs', include: ['*.jar'])
    testCompile 'junit:junit:4.12'

    compile('com.crashlytics.sdk.android:crashlytics:2.5.5@aar') { transitive = true; }
    compile('com.twitter.sdk.android:twitter:1.12.1@aar') { transitive = true; }

    apt 'com.github.hotchemi:permissionsdispatcher-processor:2.1.2'
    compile 'com.android.support:appcompat-v7:23.3.0'
    compile 'com.android.support:design:23.3.0'
    compile 'com.android.support:cardview-v7:23.3.0'
    compile 'com.android.support:palette-v7:23.3.0'
    compile 'com.android.support:recyclerview-v7:23.3.0'
    compile 'com.android.support:support-v13:23.3.0'
    compile 'com.android.support:support-v4:23.3.0'
    compile 'com.android.support:multidex:1.0.0'
    compile 'com.google.android.gms:play-services-analytics:8.4.0'
    compile 'com.google.android.gms:play-services-gcm:8.4.0'
    compile 'com.google.android.gms:play-services-maps:8.4.0'
    compile 'com.google.android.gms:play-services-location:8.4.0'
    compile 'com.squareup.retrofit2:retrofit:2.0.0-beta4'
    compile 'com.squareup.retrofit2:converter-gson:2.0.0-beta4'
    compile 'com.facebook.android:facebook-android-sdk:4.6.0'
    compile 'com.paypal.sdk:paypal-android-sdk:2.13.3'
    compile 'com.squareup.picasso:picasso:2.5.2'
    compile 'com.github.hotchemi:permissionsdispatcher:2.1.2'
}

apply plugin: 'com.google.gms.google-services'

環境設定からInstant Runを無効にしましたが、何も変わりません。
このエラーを解決するにはどうしたらいいですか？
半日格闘しています。

どうすればいいですか？

プロジェクトをクリーンアップした後、ビルドフォルダを削除したら、すべてがうまくいくようになりました。
なぜこのようなことが起こるのか正確にはわかりませんが、おそらくビルド前の設定と新しいビルドの設定が衝突しているのでしょう。