R: エラー: $ 演算子は原子ベクトルに対して無効です。

metaboanalystパッケージでコードを実行すると、プロンプトが表示されます。

Error: $ operator is invalid for atomic vectors

その後、入力したcsvファイルを確認したところ、サンプル名の1行目に以下のように値が重複していることが判明しました。

以下のように名前を変更し、再度コードを実行すると、問題は解決します。