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[解決済み】R on MacOS Error: vector memory exhausted (limit reached?)

2021-12-28 02:17:19

質問内容

BioconductorのパッケージSlingshotの"getLineages"関数を使ってRスクリプトを書くと、エラー "vector memory exhausted (limit reached?)" が発生しました。

しかし、データの大きさはたったの〜120mbです。

私はStackoverflowでいくつかの応答をチェックアウトし、ほとんどの場合、Rの64ビットバージョンに切り替えることを提案します。 

どのように解決するのですか?

Rstudioを使用している方は、設定することで Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000) は、StackOverflow の複数の投稿で提案されているように、コマンドラインでのみ機能し、Rstudio を使用中にそのパラメータを設定しても、このエラーを防止することはできないようです。

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

さらに読み進めていくと これ というスレッドがあり、Rstudioの問題点を明らかにし、解決策を以下のように示しています。

ステップ1:ターミナルを開く。

ステップ2:

cd ~
touch .Renviron
open .Renviron

ステップ3: 以下を最初の行として保存し .Renviron :

R_MAX_VSIZE=100Gb 

注:この制限は物理メモリと仮想メモリの両方を含みます。したがって、16Gbの物理メモリを持つマシンで_MAX_VSIZE=16Gbを設定しても、このエラーを防ぐことができない場合があります。マシンのスペックによっては、このパラメータを調整する必要があるかもしれません。